

仁科センターは2011年度現在、14カ国29の研究協力協定を結んでいます。
ワークショップやシンポジウムの開催、研究者の交流、研究者や装置を受入れて行う共同研究などを目的としています。他に、学生等を受入れて行う人材育成を含むものもあります。
また、加速器を用いた原子核研究については日本を代表して協定を締結しているものがあります。
| 略称 | 締結機関名称 | 国 |
|---|---|---|
| APCTP | アジア太平洋理論物理センター | 韓国 |
| ATOMKI | 科学アカデミー・原子核研究所 | ハンガリー |
| BNL | ブルックヘブン国立研究所 | アメリカ |
| CNPS | 中国核物理協会 | 中国 |
| CU | コロンビア大学 | アメリカ |
| ENEA | 国立エネルギー科学新技術研究所 | イタリア |
| GANIL | 国立重イオン加速器研究施設 | フランス |
| GSI | ドイツ重イオン科学研究所 | ドイツ |
| IMP, CAS | 中国科学院近代物理研究所 | 中国 |
| IN2P3 | 国立核物理素粒子物理研究機関 | フランス |
| INFN | 国立核物理研究所 | イタリア |
| INRNE | 科学アカデミー原子力研究所 | ブルガリア |
| ITB | バンドン工科大学 | インドネシア |
| ITS | スラバヤ大学 | インドネシア |
| JINR | 核研究合同研究所 | ロシア |
| KI | クルチャトフ研究所 | ロシア |
| LIA | 日仏連携国際研究室 | フランス |
| MSU | ミシガン州立大学 | アメリカ |
| MPG | マックスプランク協会 | ドイツ |
| PKU | 北京大学 | 中国 |
| PSI | ポール・シェラー研究所 | スイス |
| RAL | ラザフォードアップルトン研究所、SFTC | イギリス |
| SJTU | 上海交通大学 | 中国 |
| SNU | ソウル大学校 | 韓国 |
| TRIUMF | TRIUMF研究所 | カナダ |
| TUM | ミュンヘン工科大学 | ドイツ |
| UJ | ユバスキラ大学 | フィンランド |
| UNPAD | パジャジャラン大学 | インドネシア |
| VAEC | ベトナム原子力委員会 | ベトナム |